Ngay sau đó, Công văn số 06/CV/VKS-ĐTHS của Viện Kiểm sát Quân sự Quân chủng Hải quân, Cơ quan Điều tra hình sự Quân chủng Hải quân ngày 16/1/2015 gửi Cơ quan cảnh sát điều tra Công an TP HCM.
Theo nội dung công văn trả lời, cán bộ sĩ quan Phòng Đăng kiểm Hải quân và đăng kiểm viên do đơn giản, chủ quan và cả nể nên đã không làm hết trách nhiệm, không kiên quyết yêu cầu đơn vị chủ phương tiện (Bộ chỉ huy Biên phòng tỉnh Bà Rịa- Vũng Tàu) thực hiện đúng thủ tục: ban hành công văn đề nghị đăng kiểm phương tiện, cung cấp tài liệu phục vụ đăng kiểm phản ánh đúng tên vật liệu thân vỏ thực tế của phương tiện, song vẫn chuẩn bị văn bản (phôi Giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật phương tiện thủy) ghi không đúng tên vật liệu thân vỏ phương tiện từ PPC thành COMPOSITE trình để Thủ trưởng Phòng đăng kiểm Hải Quân ký ban hành.
Trưởng phòng Đăng kiểm Hải quân, do chủ quan quá tin tưởng cấp dưới đã không kiểm tra lại hồ sơ đăng kiểm trước khi ký ban hành các Giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật phương tiện thủy cho 2 phương tiện (ca nô BP 12-04-01 và BP 12-04-02).
Sau khi phát hiện sai sót đã không kịp thời thu hồi 2 Giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật phương tiện thủy đã ban hành ghi không đúng tên vật liệu chế tạo thân vỏ phương tiện.
Ngoài 2 giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật phương tiện thủy nêu trên các Giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật phương tiện thủy Đăng kiểm hải quân cấp cho các phương tiện do Công ty Việt Séc sản xuất bán cho một số đơn vị Quân đội như: Bộ Tư lệnh Vùng 2 Hải Quân, Cảnh sát biển Việt Nam, Công ty Đông Bắc - Bộ Quốc phòng, đều ghi đúng tên vật liệu chế tạo thân vỏ thực tế của phương tiện là PPC.
Tuy nhiên, xét thấy những sai phạm nêu trên của tập thể, cá nhân không phải là nguyên nhân trực tiếp dẫn đến hậu quả trong vụ tai nạn chìm ca nô BP 12-04-02 vào ngày 2/8/2013 tại vùng biển huyện Cần Giờ - TP HCM nên chỉ đề nghị Thường vụ Đảng ủy, Thủ trưởng Bộ Tư lệnh Hải quân chỉ đạo nghiêm túc kiểm điểm, chấn chỉnh đối với các cá nhân liên quan và công tác Đăng kiểm Hải Quân trong thời gian tới, mà không khởi tố vụ án hình sự đối với hành vi vi phạm của cán bộ, sĩ quan Phòng Đăng kiểm Hải quân (bộ phận phía Nam) và Đăng kiểm viên.
Theo ông Đinh Văn Quế - cựu Chánh tòa Hình sự - TAND Tối cao, đối với công văn trả lời của Viện kiểm sát quân sự Quân chủng Hải quân và Cơ quan Điều tra hình sự Quân chủng Hải quân càng khẳng định: “Nguyên nhân dẫn đến tai nạn do tàu BP 12-04-02 chở quá số lượng người cho phép, hành trình ra vùng không được phép hoạt động và việc điều khiển phương tiện không phù hợp”, chứ không phải do chất lượng không bảo đảm hay bị trục trặc kỹ thuật”.
Ông Quế cho rằng, kết luận của cơ quan tố tụng quân sự không chỉ đúng quy định của pháp luật mà còn phù hợp với các tình tiết khách quan của vụ án. Phương tiện giao thông đường thủy an toàn thì không có tội “Đưa vào sử dụng các phương tiện giao thông đường thủy không bảo đảm an toàn”. Nhưng không hiểu sao Cơ quan cảnh sát điều tra Công an TP HCM và Viện Kiểm sát Nhân dân TP HCM vẫn cho rằng ông Vũ Văn Đảo và ông Đinh Văn Quyết phạm tội này.
“Phải chăng, vì đã “trót” khởi tố, bắt giam 2 ông Đảo và Quyết mà cơ quan cảnh sát điều tra Công an TP HCM và Viện Kiểm sát Nhân dân TP HCM phải cố giữ quan điểm của mình?”, ông Quế đặt vấn đề./.